女性の生涯スポーツとしてサッカーができる環境をつくること、また女子サッカーの普及・強化を目的として、一般社団法人横浜FCスポーツクラブとNPO法人横須賀シーガルズスポーツクラブが提携いたしました。
この提携により、横須賀市を中心に活動してきた横須賀シーガルズの女子トップチーム、横須賀シーガルズFCは、2013年2月より「横浜FCシーガルズ」とチーム名を変更して新たに発足いたしました。
2016シーズンより、日本発条株式会社(ニッパツ)とスポンサー契約を結び、チーム名を「ニッパツ横浜FCシーガルズ」とし、 2024プレナスなでしこリーグ１部優勝を目指して戦います。